在《新世纪福音战士》这部作品中，SEELE和碇源堂作为推动剧情发展的两大核心势力，表面上看似目标一致，但两者之间实际上存在着深刻的分歧。

SEELE是一个由人类最高统治者组成的神秘组织，其成员包括各国政要、经济巨头等。他们的真实目的是通过第三次冲击实现人类补完计划，将全人类统一为一个整体意识体，以此来摆脱肉体的束缚，达到永恒的存在状态。然而，碇源堂作为NERV的最高指挥官，他的目标却更加个人化。碇源堂渴望通过第三次冲击实现“父亲”的意志，即通过使莉莉斯复活并吞噬亚当，让世界回归到最初的混沌状态，从而创造一个新的、完全由他女儿碇真嗣所代表的新世界。

尽管两者的最终目的都指向了第三次冲击，但在具体实施方式上却有着本质的区别。SEELE更倾向于以理性和集体利益为导向，他们希望通过科学手段精确控制冲击的过程，确保新世界的形成符合他们的预期。而碇源堂则更多地受到情感和个人信念的影响，他相信只有通过彻底的破坏才能带来真正的新生，这种理念带有强烈的主观色彩。

此外，在对碇真嗣的态度上也体现了双方的不同立场。SEELE将碇真嗣视为达成计划的重要棋子之一，他们希望利用碇真嗣的力量完成冲击，却并不真正关心碇真嗣的感受或命运。相比之下，碇源堂虽然同样利用碇真嗣，但他内心深处却充满了对女儿深深的愧疚和爱意，他希望通过冲击给予碇真嗣新的生命意义，并试图弥补自己过去的行为给女儿带来的伤害。

综上所述，《新世纪福音战士》中SEELE与碇源堂之间的分歧不仅体现在对第三次冲击的理解与执行方式上，还反映在各自的价值观以及对待碇真嗣的态度上。这些分歧使得整个故事充满了复杂性和张力，也为观众留下了深刻的印象。