故事围绕着少年碇真嗣展开，他被父亲碇元渡召唤至第三新东京市，加入NERV组织，驾驶被称为“EVA”的巨大机器人与神秘生物“使徒”作战。随着剧情推进，观众逐渐发现这不仅仅是一场人机协作的战斗，更隐藏着关于人性、自我认知以及人类存在的深层探讨。
作品的核心主题之一是探讨人类情感与心理状态。通过主角们在面对压力、孤独及彼此关系时的表现，揭示了个体如何在痛苦中寻找意义。同时，《新世纪福音战士》也触及了宗教哲学、科学伦理等复杂议题，并提出了对人类未来走向的思考。
至于结局部分，《新世纪福音战士》最初版本采用了较为晦涩难懂的形式，让许多观众感到困惑甚至不满。后来制作组推出了电影版《死与新生》以及最终章《Air/真心为你》，试图为整个系列画上句号。尽管如此，这些补完内容依旧未能完全满足所有粉丝期待，依然存在争议。
截至目前，《新世纪福音战士》已被认为正式结束了其主线叙述。然而，围绕这一经典IP衍生出的各种续作、重启项目以及同人创作仍在持续进行中，不断丰富着这个世界的可能性。
综上所述，《新世纪福音战士》不仅是一部科幻动作题材的作品，更是一部值得反复品味的精神探索之旅。它以独特视角审视了现代社会中普遍存在的焦虑与迷茫，同时也激励人们勇敢面对内心深处的真实自我。
